並行文獻搜尋技能

概述

利用 Agent 的並行呼叫能力來加速文獻搜尋，提高覆蓋率。

核心概念：

• 預設搜尋策略（日期、排除詞、文章類型）

• 策略工具返回多組搜尋語法（自動整合策略設定）

• Agent 並行呼叫搜尋工具

• 合併工具整合結果

可用工具

🔍 pubmed-search MCP 搜尋工具

工具 用途 關鍵參數

generate_search_queries

從主題生成 MeSH + 同義詞材料 topic , strategy , check_spelling

search_literature

執行 PubMed 搜尋（可並行多次） query , limit , min_year , article_type

merge_search_results

合併多組搜尋結果並去重 results_json

expand_search_queries

結果不足時擴展搜尋 topic , expansion_type

parse_pico

解析 PICO 臨床問題 description 或 p , i , c , o

📊 結果處理工具

工具 用途 關鍵參數

fetch_article_details

取得完整文章資訊 pmids (逗號分隔)

get_citation_metrics

取得 iCite 引用指標 (RCR) pmids , sort_by , min_rcr

find_related_articles

找相似文章 pmid

find_citing_articles

找引用此文章的研究 pmid

💾 Session 管理工具

工具 用途 說明

get_session_pmids

取得 session 中的 PMID search_index=-1 取最近搜尋

get_session_summary

查看 session 狀態 確認快取和搜尋歷史

list_search_history

列出搜尋歷史 回溯過往搜尋

📚 儲存文獻工具（⚠️ 注意優先級）

工具 資料來源 使用時機

save_reference_mcp

pubmed-search HTTP API 永遠優先使用 ✅

save_reference

Agent 傳遞 僅當 API 不可用時 fallback ⚠️

工作流程

Step 0: （可選）設定搜尋策略

呼叫：configure_search_strategy(criteria_json={ "date_range": "2019-2024", "exclusions": ["animal", "review"], "article_types": ["Clinical Trial", "Randomized Controlled Trial"] })

Step 1: 生成搜尋策略

呼叫：generate_search_queries( topic="remimazolam ICU sedation", strategy="comprehensive", use_saved_strategy=True )

返回 5 組 queries，策略已自動整合。

Step 2: Agent 並行執行搜尋

Agent 看到 instruction 後，會並行呼叫：

<parallel_tool_calls> <tool_call id="1"> <name>search_literature</name> <args>{"query": "...", "limit": 20}</args> </tool_call> <tool_call id="2"> <name>search_literature</name> <args>{"query": "...", "limit": 20}</args> </tool_call> <!-- ... 更多並行呼叫 ... --> </parallel_tool_calls>

Step 3: 合併結果

呼叫：merge_search_results(results_json='[ {"query_id": "q1_title", "pmids": ["123", "456"]}, {"query_id": "q2_tiab", "pmids": ["456", "012"]} ]')

返回去重後的結果，標記高相關性文獻（出現在多個搜尋中）。

迭代式搜尋擴展

當初始搜尋結果不夠時：

Phase 1: 初始搜尋 → generate_search_queries(topic="...") → 並行執行 5 組查詢 → merge_search_results → 只找到 15 篇，不夠！

Phase 2: 擴展搜尋 → expand_search_queries( topic="...", existing_query_ids="q1,q2,q3,q4,q5", expansion_type="synonyms" ) → 並行執行新查詢 → merge_search_results → 共 32 篇

Phase 3: 如果還不夠 → expand_search_queries(..., expansion_type="related") → 繼續...

擴展類型選擇指南

情況 expansion_type 預期效果

擔心遺漏不同術語 synonyms

sedation → conscious sedation

想找類似比較研究 related

remimazolam → propofol

結果太少 broader

使用 OR、移除限制

結果太多 narrower

限定 RCT、最近 2 年

流程圖

generate_search_queries(topic) │ 5 組查詢 ▼ 並行執行 search_literature │ ▼ merge_search_results │ ▼ ┌───────┴───────┐ │ 結果足夠嗎？ │ └───────┬───────┘ │ No ▼ expand_search_queries(type=...) │ 新查詢 ▼ 並行執行新查詢 │ ▼ merge（含所有結果） │ └──→ 重複直到足夠

優點

• 更快：多個搜尋同時執行

• 更全面：不同角度的關鍵字組合

• 可追蹤：知道每篇文獻來自哪個搜尋

• 可重現：策略被記錄下來

• 策略整合：日期/排除詞自動套用

搜尋後儲存文獻

完成搜尋和篩選後，儲存選中的文獻：

✅ PRIMARY：使用 MCP-to-MCP 驗證（永遠優先）

呼叫：save_reference_mcp( pmid="12345678", agent_notes="Key paper on parallel search methodology" )

⚠️ FALLBACK：僅當 pubmed-search API 不可用時

呼叫：save_reference(article={完整 metadata dict})

為什麼 save_reference_mcp 優先？

• save_reference_mcp ：mdpaper 直接從 pubmed-search API 取得驗證資料，Agent 無法篡改

• save_reference ：Agent 傳遞 metadata，可能被修改或幻覺

Session 工具使用技巧

搜尋結果自動暫存在 session 中，不需要記住所有 PMID：

取得最近搜尋的 PMID

呼叫：get_session_pmids(search_index=-1)

取得前一次搜尋的 PMID

呼叫：get_session_pmids(search_index=-2)

在其他工具中使用 "last" 快捷方式

呼叫：get_citation_metrics(pmids="last", sort_by="relative_citation_ratio") 呼叫：prepare_export(pmids="last", format="ris")

相關技能

• literature-review

• 完整的文獻回顧流程

• concept-development

• 搜尋後發展概念