系統性文獻回顧

適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題 不適用：快速查一篇 → 直接 search_literature | 只需整理 → format_references

工具速查

pubmed-search MCP

類別 工具 說明

搜尋 search_literature

基本 PubMed 搜尋

generate_search_queries

MeSH + 同義詞材料

parse_pico

解析 PICO 臨床問題

merge_search_results

合併去重

探索 find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references

引用網路

get_citation_metrics

iCite RCR 排序

全文 get_fulltext(pmcid)

取得 OA 全文

analyze_fulltext_access(pmids)

確認 OA 狀態

Session get_session_pmids / get_session_summary

取回搜尋結果

匯出 prepare_export

RIS/BibTeX

asset-aware-mcp（全文解析）

類別 工具 說明

解析 ingest_documents(file_paths)

PDF 結構化解析（雙引擎）

parse_pdf_structure(file_path)

Marker 高精度解析

狀態 get_job_status(job_id)

追蹤非同步處理進度

瀏覽 inspect_document_manifest(doc_id)

取得完整資產清單

list_section_tree(doc_id)

文件章節結構

提取 get_section_content(doc_id, section_path)

取得特定段落內容

fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id)

取得圖表等資產

知識圖 consult_knowledge_graph(query)

跨文獻 RAG 查詢

mdpaper 儲存文獻

方法 說明

save_reference_mcp(pmid) ✅ 永遠優先 MCP-to-MCP 驗證

save_reference(article) ⚠️ FALLBACK 僅 API 不可用

工作流

• 環境準備 — get_current_project()

• 讀 .memory/activeContext.md

• 搜尋策略 — 一般主題：generate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素

• 並行搜尋 — 多組 search_literature() 同時呼叫 → merge_search_results()

• 評估擴展 — <20 篇 expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")

• 篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→ save_reference_mcp(pmid)

• 全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻： a. analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results")

c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false

• 原因 d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據

• Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）： a. get_reference_for_analysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char） b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：

• 步驟 a 的完整全文內容

• 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落

• 指示 subagent 最後呼叫 save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score)

c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true

d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary ，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）

• 匯出 — format_references()

• prepare_export(format="ris")

• 更新記憶 — 寫 .memory/activeContext.md （進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）

決策點

時機 選擇

建立專案 or 探索？ 先探索熟悉文獻

關鍵字 or PICO？ 比較性問題用 PICO

結果數量 50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮

篩選方式 <30 逐篇，>30 用 RCR 排序