strain identification

# Strain Identification BLAST Skill 菌种鉴定自动化工具：解析测序SEQ/FASTA文件 → 在线NCBI BLAST比对 → 生成钉钉表格数据 → 自动生成Word鉴定报告 ## 功能 - 支持解析 `.seq` / `.fasta` 格式的测序文件 - 自动调用 NCBI 在线 BLAST 进行序列比对 - 生成可直接填入钉钉表格的结构化结果 - 基于 Word 模板自动生成菌种鉴定报告 ## 使用方法触发指令示例： > 处理测序文件 [文件路径]，使用模板 [模板路径] 生成鉴定报告，并输出钉钉表格数据 ## 参数说明 | 参数名 | 类型 | 描述 | |--------|------|------| | file_path | string | 测序文件（.seq/.fasta）的本地路径 | | report_template | string | Word 报告模板的本地路径 | ## 依赖 - biopython>=1.81 - python-docx>=0.8.11 - requests>=2.31.0 ## 注意事项 1. 测序文件建议命名为「样品编号.seq」，便于自动提取样品ID 2. Word 模板中需使用变量标识：`{样品编号}`、`{鉴定菌种}`、`{相似度}`、`{覆盖度}`、`{登录号}`、`{鉴定时间}`、`{鉴定结论}` 3. 依赖会在 Skill 安装时自动下载，无需手动安装

Strain Identification BLAST Skill

菌种鉴定自动化工具：解析测序SEQ/FASTA文件 → 在线NCBI BLAST比对 → 生成钉钉表格数据 → 自动生成Word鉴定报告

功能

支持解析 .seq / .fasta 格式的测序文件
自动调用 NCBI 在线 BLAST 进行序列比对
生成可直接填入钉钉表格的结构化结果
基于 Word 模板自动生成菌种鉴定报告

使用方法

触发指令示例：

处理测序文件 [文件路径]，使用模板 [模板路径] 生成鉴定报告，并输出钉钉表格数据

参数说明

参数名	类型	描述
file_path	string	测序文件（.seq/.fasta）的本地路径
report_template	string	Word 报告模板的本地路径

依赖

biopython>=1.81
python-docx>=0.8.11
requests>=2.31.0

注意事项

测序文件建议命名为「样品编号.seq」，便于自动提取样品ID
Word 模板中需使用变量标识：{样品编号}、{鉴定菌种}、{相似度}、{覆盖度}、{登录号}、{鉴定时间}、{鉴定结论}
依赖会在 Skill 安装时自动下载，无需手动安装